Los paquetes de debian para eclipse siguen increíblemente desactualizados.

Para instalar una versión Mars de eclipse sobre Debian, lo mejor es desinstalar versiones anteriores:

apt-get remove eclipse

# Si están instalados de fuentes:
whereis eclipse | xargs rm -rf

A continuación, bajar el paquete tar.gz de eclipse. No recomiendo usar el nuevo instalador, la verdad.

E instalar a mano.

Nosotros hemos optado por descomprimirlo en /usr/local/share y hacer un enlace simbólico desde /usr/bin

tar -xvzf eclipse-java-mars-1-linux-gtk-x86_64.tar.gz
sudo mv eclipse/ /usr/local/share/
sudo ln -l /usr/local/share/eclipse/eclipse eclipse

Para instalar en esta versión plugins como goclipse, se puede hacer de forma bastante fácil:

 

• Help -> Install New Software...
• Add...  > URL: http://goclipse.github.io/releases/ .

En el listado, ya aparece el plugin goclipse, y se instala de forma desatendida.